中港慈惠堂前身為清水佈道所,創建於西元一九六六年(民國五十五年) ,主祀瑤池金母,創堂堂主紀良先生樂善好施、克己利人,係「清水慈惠堂」開山元老之ㄧ。
慈惠堂主神-瑤池金母誠感金母之慈德廣被,母教之濟世渡眾,矢志終身奉獻母教,引迷渡眾,虔誠不渝。又經金母聖駕指示身賦神職之責,應須建堂渡眾弘揚母教,於同年向花蓮總堂見疏稟奏請旨令旗成立。西元一九七一年(民國六十年)仲春,扶鑾闡教,奉金母娘娘懿旨,清水佈道所正式更名為中港慈惠堂
母娘威儀顯赫,香火日益鼎盛,信眾與日俱增,原道場擁擠不敷使用,已非原有信徒所能駐足,即須建廟。
茲遵母娘扶鑾指示另購地遷建,堂主紀良於西元一九八一年(民國七十年)籌組建廟委員會,於西元一九八六年(民國七十五年)五月母娘顯化指示購得福地現址(梧棲鎮四維東路八十號),於同年十月由主任委員周裕明主持動工興建,眾信咸感母娘聖威,齊心戮力於西元一九八八年(民國七十七年)七月大殿竣工,擇於同年十月十一日舉行入火安座大典,隨後陸續在大廟兩旁,興建附屬工程,遂於西元二00六年(民國九十五年)完成全部建堂艱巨任務。